Inizia l’attività di Disc jockey nel 1986 a Torino, e nello stesso anno rilascia il suo primo mix, dal titolo “Psychodelic”; nel 1993 diventa dj resident della discoteca Ultimo Impero, dove rimane sino al 1998. Del 1992 sono alcuni dei suoi primi lavori musicali: i remix di Wendy Garcia – Sexo Sexo e di Rave Tirolers – Uipy (prodotto da Roberto Molinaro e pubblicato da Bliss Corporation), entrambi pubblicati sotto lo pseudonimo Noisemaker. Del 1993 è il progetto Voyager, intrapreso con Sergio Datta e Maurizio de Stefani che inizia con Hypnotribe e prosegue con Baseball Furies, per terminare nel 1994 con City of Night. Nel 1994 inizia a collaborare con Daniele Gas, con il quale pubblicherà il primo disco: The Mind’s Journey. Seguiranno poi Experiments Vol. 1, Creative Nature Vol. 1 e Creative Nature Vol. 2. L’anno che segna la svolta nella carriera di D’Agostino è il 1995, quando interrompe la collaborazione con Daniele Gas e inizia a collaborare con Aldo Valente per approdare alla Media Records. I suoi dischi vengono pubblicati con lo pseudonimo Gigi D’Agostino e ha la fortuna di vedere il vecchio pseudonimo Noisemaker affiancato al nome BXR, l’etichetta nella quale Gianfranco Bortolotti, direttore artistico e produttore esecutivo di Media Records, pubblica i suoi lavori: le copertine dei dischi porteranno infatti entrambi i loghi, BXR (talvolta sostituito proprio da Media Records) e Noisemaker.
I primi airplay radiofonici arrivano in concomitanza con la primavera del 1996: Fly, Sweetly, New Year’s Day (cover degli U2), Gigi’s Violin, Elektro Message e Angel’s Symphony vengono suonati e apprezzati tanto che il singolo Gigi’s Violin/Fly raggiunge il quarto posto in classifica italiana. Dopo pochi mesi esce il primo album, intitolato Gigi D’Agostino, che ottiene uno straordinario successo per essere un prodotto fondamentalmente concepito per le discoteche e vince un Disco D’oro per oltre 50.000 copie vendute. Segue Le Voyage ’96, compilation mixata con brani inediti, che raggiunge l’ottavo posto nella classifica italiana album con oltre 80.000 copie.
Dopo la sua ascesa verso il successo, lo stile musicale di Gigi D’Agostino cambia, con il suo suono che diventa più melodico, a metà strada tra l’house e la progressive, con sonorità più energetiche e melodiche e ritmi meno ossessivi, conosciuto anche come italo dance.[senza fonte] Nel 1998 inizia la collaborazione con il musicista Paolo Sandrini e pubblica Elisir (your love), che diviene una hit dell’estate 1998, e due produzioni firmate da solo per i club: Cuba Libre, sotto lo pseudonimo Gigi D’Ag, e Movimento, sotto lo pseudonimo Noisemaker. Nel 1999 arriva il successo internazionale con il singolo Bla Bla Bla, che venderà un milione di copie nella sola Germania. Egli descrisse il singolo come “un pezzo che scrissi pensando a tutte le persone che parlano e parlano senza dire niente!” Segue l’EP Tecno fes, che viene pubblicato alla fine dell’estate e lancia un brano tormentone come Another Way. Solo due mesi dopo D’Agostino pubblica un doppio album, il suo secondo, dal titolo L’amour toujours.
Nel 1999 diventa un produttore di riferimento e collabora con Andrea Prezioso e Giorgio Prezioso, il cantante Alessandro Moschini (più noto come Marvin) e Paolo Sandrini alla hit Tell Me Why (Prezioso feat. Marvin). Il suo tour tocca le città di mezza Europa e con il suo manager Francesco Andrisani stabilisce il record di serate consecutive (ben 31 in Germania nel 2001). Caratteristica dei suoi DJ set è proprio il fatto che ad ogni serata viene seguito dal proprio soundsystem come in un vero e proprio concerto. Nello stesso anno pubblica L’Amour Toujours, che raggiunge il decimo posto nella classifica italiana di vendite e diventa Disco di Platino. Nell’estate dello stesso anno replica il successo della compilation Le Voyage ’96 con Eurodance ’99.
Collabora poi con il dj italiano Albertino per la hit Supér che esordisce al secondo posto della classifica italiana di vendita dei singoli. Il brano getta le basi della musica dance cantata in italiano che proseguirà nel 2001 con una cover, ovviamente in chiave dance, di Un giorno credi di Edoardo Bennato (uscito dapprima solo in versione strumentale, il brano viene successivamente pubblicato sull’EP L’amour toujours con la collaborazione dello stesso Bennato). Nel 2002 gli viene affidato il remix di Objection (Tango), nuovo singolo di Shakira.